관련 법률 4조 1항에는 검사가 19세 이상 성폭력 범죄자 중 '성(性)도착증' 환자로 재범 위험성이 있다고 인정되는 경우에 한해 화학적 거세를 법원에 청구할 수 있도록 하고 있다. 


헌재는 "약물치료는 대상자 자신을 위한 치료로 한시적이며, 치료 중단 시 회복 가능하다는 점에서 침해의 최소성이 인정된다"며 "입법 목적 달성에 필요한 범위에서 치료가 이뤄진다는 점이 인정된다"고 판단했다. 한편 김이수·이진성·안창호 재판관은 “약물치료의 성폭력 재범 억제 효과를 정확히 알 수 없고, 부작용 또한 충분히 규명되지 않았다”며 위헌 취지의 반대의견을 냈다. 신체기능 통제로 인간개조를 이끌어 내려는 시도란 점에서 인간의 존엄과 가치에 반한다고도 지적했다.
 
다만 이진성 재판관은 치료대상자가 자유로운 의사결정이 가능하고, 치료에 대해 충분한 정보를 받은 상태서 치료에 동의했다면 처음부터 기본권이 제한되지 않았으므로 달리 판단해야 한다고 했다. 한편 헌재는 또 치료명령 청구가 이유 있다고 인정되면 법원이 15년 범위에서 치료 기간을 정해 판결로 치료명령을 선고하도록 규정한 제8조 제1항은 재판관 6대 3 의견으로 헌법 불합치 결정하고 2017년까지 이 규정을 개정하도록 했다.