사실상 대통령 행적을 조사해 정치화하겠다는 것"이라며 "내년 총선에서 쟁점화할 것이 분명하다"고 판단했다. 그는 "이번 사태를 책임지고 이석태 위원장을 비롯한 특조위원 전원의 즉각적인 사퇴를 요구한다"며 "예결위에는 특조위 예산 반영 금지를 강력히 요구한다"고 말했다. 아울러 "특조위 구성 및 기능과 관련된 세월호 특별법 개정을 조속히 추진하겠다"며 "특조위 활동 관련 기간 연장에 대해서도 일체 논의를 중단하겠다"고 선언했다. 아울러 그는 새정치민주연합이 특조위 예산 반영 금지에 대한 보복 조치로 해양수산부 예산 삭감을 선언한 것에 대해서는 "결코 받아들일 수 없다"고 말했다.
원유철 새누리당 원내대표는 이날 열린 원내대책회의에서 "세월호 특조위의 초법적 정략적 행태가 도를 넘고 있다"며 "침몰 원인과 전혀 상관없는 대통령 행적 조사에만 열을 올려 개탄을 금할 수 없다"고 지적했다. 또한 "특조위는 혈세로 운영되는 국가 기관으로, 불법적 행태에 대해 더이상 좌시하지 않을 것"이라고 경고했다.
한편 조원진 새누리당 원내수석부대표는 "국민들이 뽑은 현직 대통령에 대해 입에 담지 못할 말을 듣고 (특조위) 상임위원이 박수를 치고 있다"며 "박종훈 상임위원의 사퇴를 즉각 촉구한다"고 말했다. 조원진 원내수석부대표는 "농해수위 여당 위원들의 전체 의견을 존중해 특조위 전원의 즉각 사퇴와 국회 예산결산위원회의 특조위 예산 반영 금지를 요청한다"면서 "야당이 요구한 특조위 활동 기한 연장 논의 또한 중단할 것"이라고 밝혔다.